妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

在一个被称作『逆JAPAN』的空间，每隔44年就会打开一次“妖逆门”释放大量妖怪，一位神秘的少年多闻三志郎将在这里展开异想天开的奇异冒险。