和人类社会并行存在一个精灵的世界，那里的水精灵一百年产一次卵，新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。　　这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人，担负起精灵和人类的双重命运。然而由于人类社会的传史错误，查克姆被视为不祥之物的附身，遭到皇族的秘密追杀。女保镖巴鲁萨成为他的监护人，带着皇子

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感

　　在与为了实现“天下布武”，用武力及恐怖的施政冷酷地蹂躏他国的第六天魔王・织田信长，以天下为赌注展开的死斗之后——武田与上杉，在两军历来的合战之地・川中岛，双方大名武田信玄与上杉谦信为了一决雌雄，继续展开着激烈的攻防战。　　另一方面，在川中岛东侧，宿命对手的苍与红——伊达政宗与真田幸村，进行着期待

　　邪恶的奈落与犬夜叉一行的战争愈演愈烈，为了保护心脏不受伤害，他在白灵山分离出一个能洞察人类心灵的婴儿，并将心脏托其保管。在此之后，婴儿被某高僧砍作两半，变成白童子和赤子。当得知奈落心脏的重要性时，这两个同样邪恶的童子决定反客为主。赤子利用魍魉丸不断加固体外的甲胄，白童子 和神乐则在与犬夜叉战斗的